磺化Cy3.5是一种发红色荧光的花青素类荧光染料。磺化Cy3.5是磺化修饰过的Cy3.5，水溶性好，它在显影时可以用561nm或者594nm的激光束激发然后用Texas Red或相似的滤片观察，所以也是一种非常常用的标记染料。磺化Cy3.5-NHS可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子等。由于强水溶性加带电荷，磺化花青素标记的生物分子更稳定，不易产生疏水性聚集。
NHS活化酯（N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester）是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化Cy3.5分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（伯胺或者仲胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把磺化Cy3.5分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白，抗体，多肽表面的常见官能团（来自于赖胺酸侧链），磺化Cy3.5-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基，只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和磺化Cy3.5-NHS反应。
磺化Cy3.5-NHS活化酯的水溶性非常好，所以可以在水相的标记反应体系中直接使用，不需要有机溶剂助溶，特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy3.5水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy3.5-NHS也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。如需脂溶性Cy3.5染料，可选择普通花青素，即Cy3.5-NHS活化酯。
磺化Cy3.5-NHS标记后的产物Ex/Em是591nm/604nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Texas Red，Alexa Fluor 594,BODIPY TR,DyLight 594等。
| 外观 | 深紫色固体 |
| CAS号 | 2231670-91-8 |
| 分子式 | C42H40K3N3O16S4 |
| 分子量 | 1088.33 |
| 结构式 |  |
| 光谱特性 | Ex/Em＝ 584/604nm (PBS缓冲液) |
| 消光系数(ε) | 139000L·mol-1·cm-1 |
| 量子产率 | 0.11 |
| 溶解性 | 易溶于甲醇，DMF等有机溶剂，极易溶于水 |
| 保存条件 | 避光，干燥，-20℃保存 |
- NHS活化酯基团对湿度比较敏感，务必干燥保存产品。使用前产品需放到室温回温至少20分钟。
- 使用不含氨基的缓冲体系。比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等，它们会和Cy3.5上的伯胺竞争。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
- 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂白。
相关搜索：磺化Cy3.5-NHS酯，磺化Cy3.5-NHS活化酯，水溶性Cy3.5-NHS酯，磺化Cy3.5-NHS活化酯，Sulfo Cy3.5 NHS，磺化 Cyanine NHS，红色荧光染料，蛋白标记荧光染料，Sulfo-Cyanine 3.5 NHS ester，2231670-91-8